Arrêté du Conseil d'Etat en matière de retenue de traitement d’un chargé d'enseignement, du 19 novembre 2025

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Arrêté sur recours du 19 novembre 2025

Détail

LE CONSEIL D’ÉTAT
Vu le recours n°3948-2024 du 12 septembre 2024 formé par A______, domicilié ______ (VD), mais élisant domicile en l'Etude B______ (GE) et comparant par Me C______, avocat, à l'encontre de la décision de la Conseillère d’Etat chargée du département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse, rendue le 11 juillet 2024 ;

Considérant ce qui suit :

I.    EN FAIT
1.    A______, né le ______, a été engagé en qualité de chargé d’enseignement par le département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse (ci-après : le DIP), à compter du 1er septembre 2007.
2.    Il était affecté au cycle d’orientation D______ et au collège et école de commerce E______ (ci-après : CEC E______).
3.    Par arrêté du 29 septembre 2008, A______ a été nommé fonctionnaire à compter du 1er septembre 2008, à la fonction de maître dans l’enseignement secondaire en matière X______, à 80% avec la garantie de 16 à 19 leçons par semaine.
4.    A la rentrée scolaire 2010-2011, A______ a été affecté uniquement au CEC E______.

5.    A compter du 1er septembre 2016, le taux d’activité de A______ a été augmenté, à sa demande, à 100%, avec la garantie de 20 à 24 périodes par semaine.
6.    Depuis le 1er septembre 2022, F______ dirige l’établissement CEC E______.
7.    Lors de son entretien d’évaluation et de développement du personnel (ci-après : EEDP) du 23 mars 2023, A______ a exprimé son souhait de réduire temporairement son taux d’activité de 100% à 80% et d’obtenir un poste dans un gymnase du canton de Vaud.
8.    A la demande de A______, son taux d’activité est redescendu à 80% avec garantie de 16 à 19 périodes, à compter du 1er septembre 2023.
9.    Selon la feuille d’engagement annuelle (ci-après : FEA) de A______ pour l’année scolaire 2023/2024, lui étaient attribuées 18.25 périodes d’enseignement réparties du lundi au jeudi, au premier semestre, puis du lundi au vendredi, au second semestre, ainsi que 0.17 d’activité hors enseignement. Sa réserve de carrière, au 1er septembre 2023, était de 1.18, et la « variation de la fiche » de 0.92.
10.    Dès le 12 août 2023, plusieurs échanges ont eu lieu entre A______ et F______.
Le premier s’interrogeait notamment sur sa FEA, estimant qu’elle ne correspondait pas à un réel 80% mais plutôt à une charge de 100%. Il considérait également que les programmes – dont deux nouveaux – et heures attribuées ne lui permettaient pas d’utiliser sa baisse de taux d’activité pour compléter ses revenus avec une activité rémunérée plus proche de son domicile vaudois, bien que ce fût l’intention dont il avait fait part à sa supérieure hiérarchique à l’appui de sa demande de revenir à 80% exprimée lors de la fin de l’année scolaire précédente. Il demandait ainsi que ses heures du vendredi du second semestre lui soient retirées, qu’elles soient déplacées à un autre jour, qu’une rocade avec un autre enseignant soit prévue ou qu’il soit réaugmenté à 100% pour compenser la perte financière. Il s'interrogeait par ailleurs sur sa réserve de carrière, laquelle devait, selon sa FEA, être augmentée à 2 heures. Dans la mesure où il envisageait de se rapprocher professionnellement de son domicile, il se demandait si sa réserve de carrière excédentaire serait rémunérée s'il obtenait un poste dans le canton de Vaud.
F______ n’a pas pu lui proposer d’alternative et lui a confirmé qu’il devait s’en tenir à sa FEA. S'agissant de sa réserve de carrière, elle a précisé, dans son courriel du 2 octobre 2023, qu'elle s'établirait en « R24 à 2.1 ».
11.    Par courriel du 5 janvier 2024, A______ a, en substance, informé sa directrice qu’il se trouvait dans un état de fatigue inhabituel et que les effets d’un semestre particulièrement chargé se faisaient ressentir. Pour préserver sa famille, sa santé et la qualité de son enseignement, il décidait de cesser l’enseignement des cours des 2CIE.N sur le second semestre. Cette décision présentait plusieurs avantages : il se retrouverait avec un programme de moins, soit 4 programmes (dont deux nouveaux), ce qui demeurait une charge de travail substantielle pour un poste à 80% en matière X______, sa réserve de carrière se rapprocherait « de 0h en R24 », il aurait la possibilité de compléter ses revenus en-dehors du DIP le vendredi, et ses déplacements se limiteraient à 4 jours. Ainsi, selon ses termes « En l'absence de solutions concertées, j'ai décidé d'opter pour la piste que je vous ai suggérée en septembre : cesser d'enseigner en 2CiE-N sur le deuxième semestre ». Il l’informait en outre qu’il prendrait congé de ses élèves lors du dernier cours du premier semestre et demandait à sa directrice de tout mettre en œuvre pour assurer la continuité de l’enseignement desdits élèves.
12.    Par courriel du 15 janvier 2024, F______ lui a confirmé un entretien pour le 24 janvier suivant. Dans l’intervalle, elle le priait de délivrer ses prestations comme mentionnées dans sa FEA.
13.    La séance s’est tenue le 24 janvier 2024, en présence de l’enseignant et de la directrice. Il ressort en particulier du procès-verbal que la directrice a indiqué à A______ qu’il ne lui était pas possible de renoncer aux prestations d’enseignement figurant dans sa FEA ni de déplacer les heures du vendredi à un autre jour. Une augmentation du taux d’activité à 100% en cours d’année n’était pas non plus possible, en l’absence de nouveaux enseignements disponibles à lui attribuer. L’intéressé a demandé ce qu’encourrait un enseignant renonçant à un enseignement de manière unilatérale.
14.    Par courriel du 5 février 2024, F______ a informé A______ qu’en cas de refus d’assurer les enseignements figurant sur sa FEA, l’enseignant concerné encourait un entretien de service pour manquement au devoir de service.
15.    Par courriel du 25 février 2024, A______ a confirmé à sa directrice qu’il n’assurerait plus les cours de 2CIE.N dès la semaine suivante, soit les mercredis matin et les vendredis matin.
16.    Par courriel du 27 février 2024, F______ a rappelé à A______ qu’un remplacement n’était organisé que s’il était absent pour motif de santé ou autre activité préalablement annoncée telle une formation continue. Dans l’hypothèse contraire, elle le priait d’assurer ses enseignements.
17.    A______ n’a pas donné ses cours de 2CIE.N depuis le 28 février 2024.
18.    Par courriel du 29 février 2024, F______ a informé A______ qu’une retenue de salaire pour absence injustifiée serait appliquée pour les périodes non prestées, aucun justificatif d’absence ne lui étant parvenu pour le 28 février 2024.
19.    Par courriel du 8 mars 2024, F______ a écrit à A______ qu’il n’avait pas assuré ses cours de 2CIE.N depuis le mercredi 28 février précédent et l’a sommé de reprendre ses cours selon sa FEA en demandant une confirmation par courriel, avant le 11 mars suivant à 8h, qu’il se conformerait à cette même FEA.
20.    Par courriel du 10 mars 2024, A______ a répondu à sa directrice qu’il souffrait d’une compression d’un nerf au niveau cervical depuis le vendredi précédent, soit le 8 mars 2024, et qu’il avait pris les deux premiers rendez-vous disponibles chez l’ostéopathe, qui tombaient le vendredi en question et le mercredi suivant, soit le 13 mars 2024, en matinée. Il n’assurerait ainsi pas les deux premières heures du mercredi en question, mais, dans la mesure du possible, les suivantes de la journée. S’agissant des cours de 2CIE.N, il concluait : « [f]aute de meilleure compromis – qui à mon avis aurait pu et dû être possible – je vous propose d’en rester au statu quo : ma retenue de salaire paye le remplacement, les élèves ne sont pas impactés ».
21.    Par courrier du 19 mars 2024, A______ a été convoqué à un entretien de service pour être entendu sur ces faits pouvant mener à une éventuelle sanction disciplinaire et un éventuel remboursement de traitement pour les périodes non prestées.
22.    Le 18 avril 2024, l’entretien de service s’est tenu en présence de A______ assisté de Maître G______, F______, H______, responsable des ressources humaines, et I______, assistante de direction en charge du procès-verbal. A______ a été invité à s’exprimer notamment au sujet des heures non prestées, étant averti que les absences non justifiées pouvaient entraîner une retenue du traitement correspondant, calculée conformément à l’article 53, alinéa 2 du règlement fixant le statut des membres du corps enseignant primaire, secondaire et tertiaire ne relevant pas des hautes écoles, du 12 juin 2002 (B 5 10.04 ; RStCE), et à la directive sur les modalités de calcul des ajustements de salaires lors de changements en cours d’année scolaire, du 1er juin 2023 (D.RH.00.20). Dans ce cadre, il est notamment également revenu sur les rendez-vous médicaux qui étaient tombés sur ses cours des 8 et 13 mars 2024 et a proposé d’envoyer des attestations à ce sujet.
23.    Par courrier du 29 avril 2024, la direction générale de l’enseignement secondaire II a écrit à A______ pour lui indiquer le montant dont il pourrait être redevable au vu des cours non prestés jusqu’à cette date, soit 3'684.72 francs. Un tableau récapitulant les modalités de calcul figure sur ledit courrier.
24.    Le 31 mai 2024, A______ a transmis ses observations sur le procès-verbal de l’entretien de service. Il relevait en particulier n’avoir été informé qu’après coup de l’éventuelle retenue de salaire pour les heures non prestées, alors qu’il ne disposait plus d’aucune latitude décisionnelle. Le 27 mai précédent, le doyen de la matière X______ l’avait sollicité par rapport au remplacement dans la classe 2CIE.N, qui se passait visiblement mal. Considérant qu’il restait moins de trois semaines de cours et que certaines de ses classes étaient alors en examen, il avait proposé de reprendre ces cours et le doyen avait ainsi trouvé une solution avec les contraintes horaires mais la directrice s’y était opposée. A______ avait le sentiment de n’avoir été entendu que pour la forme.
25.    En résumé, A______ n’a pas donné ses cours les 28 février, 1, 6, 8, 13, 15, 20, 22 et 27 mars, 17, 19, 24 et 26 avril, 3, 8, 15, 17, 22, 24, 29 et 31 mai, 5, 7 et 12 juin 2024, pour un total de 48 périodes.
26.    Le 20 juin 2024, A______ a remis à sa hiérarchie deux attestations : l’une datée du 4 juin 2024 du secrétariat d’un centre de physiothérapie de Nyon, confirmant qu’il avait eu une séance le 8 mars 2024 à 11h30, et l’autre datée du 1er mai 2024 de l’ostéopathe J______, confirmant qu’il avait été reçu le mercredi 13 mars 2024 à 9h30 à son cabinet de Divonne les Bains.
27.    Le 11 juillet 2024, la Conseillère d’Etat en charge du DIP a rendu deux décisions à l’encontre de A______.
La première prononce une sanction administrative retirant deux annuités au traitement futur de A______, retenant une faute grave pour le ton employé à l’égard de la directrice F______, d’une part, et les périodes de cours non prestées, d’autre part.
La seconde réclame le remboursement du traitement brut de CHF 6'802.56 pour les périodes de cours non prestées, somme soumise aux charges sociales et cotisations CIA. Sur ce dernier point, la décision retient comme admis que A______ n’a plus donné ses cours de 2CIE.N depuis le 28 février 2024, contrairement à sa FEA, malgré les informations claires de sa hiérarchie sur son obligation de les effectuer, et qu’il a été entendu à ce sujet et informé des modalités de calcul des retenues de traitement. Contrairement à l’allégation de A______, lequel ne pouvait décider à sa guise de son emploi du temps et refuser de donner ses cours, son remplacement avait engendré un coût financier supplémentaire au DIP. Les attestations fournies n’émanaient pas d’un médecin, n’attestaient pas d’une incapacité de travail et l’un des deux rendez-vous n’empêchait pas A______ de donner ses cours de ce jour-là ; elles ne pouvaient être prises en compte. Enfin, il n’avait jamais offert valablement à sa supérieure hiérarchique de reprendre ses cours au mois de mai 2024 : les aménagements proposés par le doyen, lequel n’était pas au courant du refus de A______ d’enseigner les deux périodes de cours du vendredi, ne pouvaient être validées, d’autant qu’ils pouvaient impacter les horaires d’autres enseignants et des élèves.
28.    Depuis le 1er août 2024, A______ est en congé extraordinaire sans traitement pour une durée d’une année.
29.    Par actes du 12 septembre 2024, A______ (ci-après : le recourant) a recouru contre les deux décisions du 11 juillet 2024, respectivement devant la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : CJCA) pour ce qui est de celle diminuant ses annuités et devant le Conseil d’Etat pour ce qui est de celle exigeant un remboursement du traitement pour les heures non prestées.
S’agissant du recours devant le Conseil d’Etat, le recourant conclut, sous suite de frais et dépens à l’annulation de la décision litigieuse et à la confirmation qu’il n’est redevable envers le DIP (ci-après : l’autorité intimée) d’aucune somme à titre de traitement perçu en trop.
Le recourant fait grief à l’autorité intimée d’avoir constaté les faits de manière inexacte et d’avoir violé le principe de la légalité, de l’interdiction des sanctions déguisées et du principe ne bis in idem.
Tout d'abord, le recourant a réitéré les explications figurant dans son courriel du 6 janvier 2024 à l'attention de la directrice : la situation problématique relevée au mois d'août 2023 n'avait pas évolué, alors même que F______ avait été alertée de l’état de fatigue inhabituel dans lequel il se trouvait. Ainsi, afin de préserver sa famille, sa santé et la qualité de son enseignement, il se voyait contraint de cesser d'enseigner en classe de 2CiE_N sur le deuxième semestre, ce qui aurait pour avantage de réduire son nombre de programmes à quatre, de diminuer sa réserve de carrière, et de lui permettre de travailler en-dehors du DIP le vendredi.
Par ailleurs, la décision litigieuse retenait à tort que les attestations du centre de physiothérapie et de l’ostéopathe ne pouvaient être prises en compte, dès lors que le recourant avait informé sa hiérarchie par courriel du 10 mars 2024 qu’il souffrait d’une compression d’un nerf au niveau cervical depuis plusieurs jours, qui avait nécessité la prise en urgence d’un rendez-vous chez l’ostéopathe. Par ailleurs, les rendez-vous chez ces spécialistes ayant eu lieu les vendredi 8 mars à 11h30 et mercredi 13 mars à 9h30, ils l’empêchaient bel et bien, contrairement à ce que retenait la décision litigieuse, de donner ses cours du vendredi de 9h55 à 11h40 et du mercredi de 8h00 à 9h40. Enfin, il était erroné de dire que le recourant n’avait pas offert ses services au mois de mai 2024 à sa supérieure hiérarchique : alerté par le doyen du fait que l’attitude du remplaçant laissait à désirer, le recourant avait proposé d’assurer lui-même les trois dernières semaines de cours, certaines de ses classes étant alors en examen. Le doyen avait résolu certaines contraintes horaires découlant du fait que le recourant faisait passer des examens oraux mais la directrice avait opposé son véto et reproché au doyen d’avoir abordé le recourant à ce sujet. Par ailleurs, la décision litigieuse ne reposait sur aucun fondement légal et constituait une sanction déguisée – ce qui était confirmé par l’invocation des articles 21 et 22 RStCE dans la décision litigieuse – contrevenant également au principe ne bis in idem, dès lors qu’elle avait été prononcée cumulativement à une autre sanction disciplinaire pour les mêmes faits dans la décision parallèle du 11 juillet 2024 de l’autorité intimée. La directive interne D.DH.00.20 n’avait pas été fournie par l’autorité intimée et n’avait, en tout état, pas force de loi. Or, l’article 53, alinéa 2 RStCE sur lequel s’appuyait la décision ne permettait pas de fonder la demande de remboursement, dès lors que le recourant n’avait pas cessé d’occuper sa fonction. En toute hypothèse, le recourant était rémunéré non au prorata du nombre de périodes prestées mais à hauteur de son taux d’activité de 80%, dont la charge pouvait varier de 16 à 19 périodes. Or, même à supposer que le recourant n’ait pas presté quatre périodes par semaine au second semestre, seules deux périodes pourraient être déduites à l’années, ce qui lui laissait une moyenne de plus de 16 périodes par semaine. En tout état, les dates des rendez-vous médicaux des 8 et 13 mars 2024 ainsi que les trois dernières semaines de l’année scolaire où F______ avait refusé que le recourant reprenne ses cours de 2CIE.N devaient être déduites du calcul des périodes non prestées, de sorte que le calcul devrait être quoi qu’il en soit revu.
30.    Par courriers des 8 et 11 octobre 2024, les parties se sont opposées à une éventuelle suspension de la procédure jusqu'à l'issue de la procédure devant la CJCA.
31.    Dans ses écritures du 11 octobre 2024, l’autorité intimée a conclu au rejet du recours.
En substance, les seuls faits pertinents à la résolution du litige se résumaient, d’une part, à la FEA pour l’année scolaire 2023/2024, laquelle mentionnait clairement le nombre de périodes à enseigner du recourant et, d’autre part, aux échanges entre le recourant et sa supérieure hiérarchique, dans lesquels ce dernier avait manifesté son refus sans équivoque de délivrer sa prestation d’enseignant dès le 27 février 2024 pour les cours de 2CIE.N et cette dernière avait clairement indiqué qu’un tel comportement l’exposait à devoir rembourser une partie de son traitement.
Le recourant ne contestait pas ne pas avoir donné une partie de ses cours, pour un total de 48 périodes d’enseignement. Et ces heures lui avaient été payées malgré le caractère non justifié, le droit d’être entendu du recourant devant être respecté avant la prise d’une décision. Enfin, l'inquiétude du recourant sur sa réserve de carrière n'avait pas lieu d'être, dès lors qu'elle était conforme aux exigences posées par l'article 7B, alinéa 9 RStCE.
32.    Par courrier du 22 octobre 2024, le recourant a persisté dans sa demande d'effet suspensif. Sur le fond, il a indiqué, qu'indépendamment des périodes d'enseignement que l'autorité intimée lui reprochait de ne pas avoir données, le nombre de périodes prestées par semaine sur l'ensemble de l'année scolaire restait dans la fourchette correspondant à son taux d'activité.
33.    Par décision du 1er novembre 2024, la Présidente du Conseil d'Etat a admis la requête en restitution de l'effet suspensif déposée par le recourant ; l’éventuelle obligation de remboursement par le recourant du montant réclamé par l'autorité intimée a donc été reporté à l'issue de la présente procédure.
34.    Dans ses écritures du 28 novembre 2024, l'autorité intimée a indiqué que les faits avaient valablement été établis. Selon la fiche 08.01.02 du mémento des instructions de la direction générale de l'Office du personnel de l'Etat (ci-après : fiche MIOPE), seul était accepté le certificat médical établi par une ou un médecin, une ou un dentiste, ainsi qu'une sage-femme ou un homme sage-femme, et ce dans leur domaine de spécialisation. Le MIOPE réunissait les directives précisant les pratiques communes dans l'application des lois et des règlements relatifs au personnel de l'Etat. Il constituait une ordonnance administrative. Les dispositions du MIOPE ne constituaient pas des règles de droits et ne liaient pas le juge ; toutefois, du moment qu'elles tendaient à une application uniforme et égale du droit, les tribunaux ne s'en écartaient que dans la mesure où elles ne restitueraient pas le sens exact de la loi.
En l'occurrence, le recourant avait remis deux attestations, et non des certificats médicaux. Ces documents n'attestaient au demeurant pas une incapacité de travail. Son courriel du 10 mars 2024 ne pouvait non plus être pris en compte pour justifier ses absences. Celles-ci n'étaient donc pas valablement excusées.
Tout en se référant au cahier des charges génériques des maîtres et maîtresse de l'enseignement secondaire et tertiaire non HES, produit lors d'une précédente écriture, l'autorité intimée a avancé que la mission consistait à assurer l'enseignement de sa ou de ses disciplines en permettant, l'acquisition, le renouvellement et l'approfondissement par les élèves des connaissances et des démarches propres à chacune d'elles, conformément aux objectifs définis par l'institution.
Afin d'expliquer la retenue sur le salaire effectué, l'autorité intimée s'est référée à la directive intitulée « personnel enseignant modalités de calcul des ajustements de salaire lors de changements en cours d'année scolaire », soit la D.RH.00.20, accessible sur l’intranet DIP, entrée en vigueur le 24 août 2015, laquelle décrivait les modalités de calcul du traitement du personnel enseignant lors de changement d'activité en cours d'année scolaire, ainsi que les modalités de calcul d'une retenue de salaire du personnel enseignant. Elle s’est également fondée sur l’annexe à ladite directive, relative à la méthode de calcul appliquée pour les « retenues de périodes ».
Ainsi, l’autorité intimée explique le calcul qu’elle avait appliqué pour déterminer la retenue de salaire imputable au recourant comme suit :
« Le recourant percevait au cours de l'année scolaire précédente, en classe 20 annuité 14, un traitement annuel brut de frs. 139'437.-, comprenant le treizième salaire et les vacances statutaires (5 semaines). Le tarif unitaire d'une période d'enseignement est d'abord déterminé hors treizième salaire et vacances. Ainsi le traitement annuel est ramené à douze mois (/12*13), lequel est divisé par 52 semaines, puis par le nombre de périodes théoriques hebdomadaire, soit 22 périodes. A ce tarif brut de la période d'enseignement obtenu est ajoutée la part qui inclut les 13.5 semaines de vacances scolaires. Ainsi, pour le recourant, le tarif d'une période d'enseignement, pour l'année 2023-2024, est de frs. 141.72. »
Enfin, le raisonnement du recourant selon lequel il avait finalement effectué les 16 périodes hebdomadaires prévues dans la fourchette 16-19, correspondant à un taux d'activité de 80%, ne pouvait être suivi dès lors que la moyenne de carrière, selon l'article 7B alinéa 5 RStCe, était de 17.5. Or, en n'effectuant pas deux périodes hebdomadaire, il était en dessous de cette moyenne pour l'année scolaire 2023-2024 (18.42-2). En tout état de cause, il avait à sa FEA 18.42 périodes d'enseignement à effectuer et ne pouvait, unilatéralement, décider de supprimer des cours de sa FEA sans conséquence financière. Enfin, le recourant avait été prévenu de la méthode de calcul qui serait appliqué par courrier du 29 avril 2024.
35.    Par courrier des 6 janvier, le recourant a réitéré ses explications selon lesquelles le traitement perçu était conforme à son taux d'activité et que la décision litigieuse ne reposait sur aucun fondement légal. En tout état, les dates des 8 et 13 mars, 29 et 31 mai et 5, 7 et 12 juin 2024 ne pouvaient être retenues dans le calcul, compte tenu des rendez-vous médicaux auxquels il avait dû se rendre, ainsi que de sa proposition du 27 mai 2024, d'assurer lui-même les dernières semaines de cours. Il avait au demeurant dûment informé sa directrice du fait qu'il souffrait d'une compression de nerf au niveau cervical et avait dû prendre des rendez-vous médicaux en urgence pour ce motif. Il n'avait pas été exigé en retour qu'il fournisse un certificat médical pour justifier ces rendez-vous, étant rappelé que la loi précisait que ce document pouvait être exigé (art. 22, al. 3 RStCE). Par ailleurs l'autorité intimée ne contestait pas le fait qu'il avait offert ses services à sa supérieure hiérarchique en mai 2024 en vue d'assurer lui-même les trois dernières semaines de cours. Elle alléguait simplement que la directrice n'était pas tenue de donner suite à une telle demande, confirmant implicitement la réalité de celle-ci. Le remplacement s'était au demeurant mal passé et une autre solution avait dû être recherchée. Ainsi, à supposer qu'un remboursement soit fondé, ce qui était contesté, le total des périodes non prestées serait de 34 et l'éventuel montant à rembourser à CHF 4'818.48.
En outre, au regard de la charge d'enseignement prévue par sa FEA pour l'ensemble de l'année scolaire 2023/2024, la moyenne du recourant était restée supérieure à 16 périodes par semaine sur l'ensemble de l'année, même en déduisant les quatre périodes hebdomadaires non prestées durant le deuxième semestre. Dès lors qu'il avait perçu un traitement conforme à son taux d'activité, aucun remboursement n'était dû.
Contrairement à ce qu'affirmait l'autorité intimée, la moyenne de carrière n'était pas déterminante pour calculer si les périodes hebdomadaires se trouvaient dans la fourchette de 16 à 19 périodes correspondant au taux d'activité de 80%. Les écarts à la moyenne de carrière avaient en revanche un impact sur la réserve individuelle de carrière. Ainsi, tout au plus, effectuer deux périodes hebdomadaires de moins – lissées sur l'année par simplification – n'avait pu avoir pour effet que de réduire la réserve de carrière du recourant (1.18 au 1er septembre 2023) et la rapprocher de zéro (variation de -1.08 dans l'hypothèse de 16.42 périodes hebdomadaires au lieu d'une variation de 0.92 pour 18.42 périodes hebdomadaires), ce qui était parfaitement conforme à la réglementation en vigueur (art. 7B al. 9 RStCE).
A l'appui de ses écritures, le recourant a produit une attestation du syndicat ECHA du 2 décembre 2024 concernant les procès-verbaux établis par la directrice d'E______ F______. Il ressort de ce document que les procès-verbaux établis par celle-ci pouvaient, selon ce qui avait été rapporté par plusieurs collègues, inclure des inexactitudes, omissions, embellissement ou des biais qui altéraient la réalité et rendaient les procès-verbaux non représentatifs de la teneur de l’entretien. Ces problèmes avaient été signalés auprès de la direction générale par le syndicat ; ce dernier pouvait fournir des témoignages et des preuves supplémentaires si nécessaire.
36.    Le 4 mars 2025, la section des recours au Conseil d’Etat a informé l’autorité intimée qu’elle souhaitait recueillir des renseignements écrits de F______ ainsi que de K______, doyen de la matière X______ au CEC E______ en précisant les questions posées et en invitant les parties à lui adresser leurs éventuelles questions complémentaires. Par courrier du même jour, la section des recours au Conseil d’Etat a fait la même démarche auprès du recourant.
37.    Par courriers des 9 et 11 avril 2025, l’autorité intimée et le recourant ont indiqué ne pas avoir de questions complémentaires à poser. L’autorité intimée a notamment produit l’arrêt rendu par la CJCA le 11 mars 2025 dans la cause l’opposant au recourant relatif à la sanction prononcée à l’encontre de celui-ci en raison de ses cours non prestés notamment et le procès-verbal d'audience du 29 janvier 2025 dans ladite cause.
38.    Il ressort notamment de ce procès-verbal que le recourant n'a pas contesté les dates figurant dans la décision litigieuse et retenues comme non prestées par l'autorité intimée (soit les dates figurant également dans la décision présentement attaquée). Il a estimé ne pas avoir proposé ses services au mois de juin 2024. Selon lui, il était d'usage qu'une fois une absence signalée à la direction, celle-ci indique le nom du remplaçant. Il n'était pas habituel, pour les enseignants, de chercher leur remplaçant. La réserve de carrière correspondait au nombre d'heures d'enseignement qui pouvaient être, en fonction des besoins de l'établissement, soit légèrement en-dessus soit légèrement en-dessous du nombre d'heures précis correspondant au taux d'emploi. Au fur et à mesure, il était veillé à ce que cette réserve se rapproche de zéro.
Il en ressort également du procès-verbal que F______ a, quant à elle, indiqué que ladite réserve pouvait aller jusqu'à 4, voire un peu plus. Il était veillé à la réduire à zéro tous les quatre ans.
39.    Dans l’arrêt du 11 mars 2025 précité, la CJCA relevait que le recourant avait admis en audience avoir été absent lors des 48 périodes d'enseignement au second semestre de l'année 2023/2024, correspondant au cours de la matière X______ 2CIE dispensés les mercredis et vendredis. Ces absences n'étaient pas liées à des raisons médicales et n'avait en conséquence fourni aucun certificat d'incapacité de travail. La CJCA a ainsi notamment retenu ce qui suit :
« Ce faisant, le recourant a, en connaissance de cause et malgré plusieurs injonctions de sa hiérarchie visant à ce qu'il reprenne l'enseignement desdits cours, contrevenu sans motif valable à ses obligations de respecter ses horaires de travail et d'assumer personnellement son travail, ce qui constitue de surcroît sa mission première, pour laquelle il a été engagé. Il a ainsi intentionnellement enfreint ses devoirs de service et a commis une faute.
L'intéressé justifie son comportement par une surcharge de travail induite par son emploi du temps et par le fait qu'il aurait été le seul à chercher, en vain, des solutions. Or, un enseignant est tenu de se conformer à l'horaire qui lui est attribué au début d'année, en vue de remplir sa mission pédagogique, et ne peut pas unilatéralement choisir de cesser de donner tels ou tels cours. La bonne marche de l'école, en particulier sa mission éducative, et sa bonne administration en seraient notablement entravées, au vu notamment du nombre considérable d'horaires à établir. En outre, le nombre d'heures qui a été attribué au recourant (18.42 périodes), activités hors enseignement comprises, est conforme à un poste correspondant, comme le sien, à un taux de 80 % (art. 7B al. 2 let. b RStCE). Il n'est dès lors pas fondé à se plaindre d'une surcharge de travail.
Par ailleurs, le corps enseignant n'ayant aucun droit à choisir ou modifier son horaire, sa supérieure hiérarchique n’avait aucune obligation d'adapter son horaire ou de trouver une autre solution. Le refus de modifier la grille horaire du recourant de manière qu’il n’ait pas à enseigner le vendredi, même s’il avait été critiquable, ne l’habilitait nullement à décider de son propre chef de ne plus dispenser les cours de la classe « 2CIE », dont celui du vendredi.
Le recourant ne peut, en outre, se prévaloir à sa décharge de ce qu’il avait prié à plusieurs reprises la hiérarchie de faire le nécessaire pour organiser son remplacement, puisque seul son comportement – injustifié – a provoqué la nécessité de trouver un remplaçant, d'une part. D'autre part, comme l'a confirmé l'intéressé lui-même en audience, il n'est pas inhabituel que les enseignants cherchent eux mêmes un remplaçant.
Enfin, le recourant a reconnu en audience qu’il n’avait à aucun moment proposé de reprendre les cours «2 CIE ».
Le premier reproche est donc justifié. »
40.    La CJCA a estimé par ailleurs que, dans le cadre de ses échanges avec sa supérieure hiérarchique, le recourant lui avait manqué de respect et contrevenu à son obligation d'entretenir des relations dignes et correctes avec ses supérieurs. Il avait également contrevenu à son devoir de réserve et fidélité en informant ses élèves de l'existence d'un différend l'opposant à sa hiérarchie. La sanction infligée en l'espèce, soit la réduction du traitement dont faisait l'objet le recourant, respectait le principe de la proportionnalité et ne consacrait aucun abus du pouvoir d'appréciation de l'intimé. Au contraire, aux yeux de la CJCA, elle paraissait particulièrement clémente.
Enfin, elle a indiqué que, « contrairement à ce que prétend le recourant, la demande de remboursement dont il fait l'objet pour les mêmes faits n'a pas à être prise en compte en sa faveur, puisqu'il s'agit d'une mesure administrative répondant à un autre but que la sanction administrative et qui est la conséquence légale du fait que la prestation de travail convenue n’a pas été délivrée (art. 53 al. 2 RStCE). »
41.    Par courrier du 24 avril 2025, la section des recours au Conseil d’Etat a informé les parties qu’au vu des derniers éléments portés à sa connaissance par ces dernières, il ne paraissait plus nécessaire de recueillir des renseignements écrits de F______ et de K______. Les parties étaient invitées à produire leurs observations finales.
42.    Dans ses observations finales du 21 mai 2025, l’autorité intimée a réitéré ses explications relatives à la FEA 2023-2024 du recourant : celle-ci attribuait 18.25 périodes d'enseignement, dont 0.25 qui consistait en un suivi de travaux dirigés. A cela s'ajoutait 0.17 d'activité dite hors enseignement. Ainsi sa FEA indiquait un total de 18.42 périodes. Tout en citant les articles 7, alinéa 5 et 7B alinéas 3, lettres a et b, et 5 et 10 RStCE, l'autorité intimée a expliqué que la FEA se situait bien dans la fourchette de 16-19 périodes, lesquelles ne pouvait, selon la réglementation, être en dessous de la moyenne de carrière de 17.5. Pour le surplus, l'autorité intimée s'est référée aux différents échanges entre le recourant et la directrice F______ afin de démontrer que le recourant n'avait pas l'intention de donner les cours figurant sur sa FEA, malgré les interpellations de sa supérieure à ce sujet.
43.    Dans ses observations finales du 23 juin 2025, le recourant a soutenu que, non seulement le remboursement de son traitement, tel qu'exigé par l'autorité intimée, n'était pas dû dès lors qu'il était conforme à son taux d'activité, mais que, surtout, ledit remboursement ne reposait sur aucune base légale. En effet, la disposition sur laquelle se basait l'autorité intimée, soit l'article 53, alinéa 2 RSCE ne s'appliquait pas car il n'avait pas cessé d'occuper sa fonction. S'il semblait à priori justifié de réduire la rémunération au prorata des heures non travaillées, force était de constater que ce procédé ne reposait sur aucune base légale, de sorte que le principe de la légalité était en l'espèce violé. Par ailleurs, à supposer qu'un remboursement était dû, les absences des 29 et 31 mai et des 5, 7 et 12 juin 2024 devaient être écartés, le recourant ayant accepté de donner les cours sur demande du doyen mais la directrice ayant refusé qu'il reprenne l'enseignement. De même, celles des 8 et 13 mars avaient été justifiées par des attestations. Ainsi le total des périodes non prestées s’élèverait à 34 et l'éventuel montant brut à rembourser à CHF 4'818.48. Par ailleurs, si les écarts à la moyenne de carrière n'avaient aucun impact sur la rémunération due au recourant – laquelle se fondait sur son taux d'activité – ils affectaient en revanche la réserve individuelle de carrière (art. 7B al. 9 RStCE), de sorte que la réduction de deux périodes hebdomadaires sur l'année 2023-2024 avait réduit la réserve de carrière du recourant (1.18 au 1er septembre 2023), en la rapprochant de zéro conformément à la réglementation en vigueur (art. 7B al. 9 RStCE).
44.    La cause a été gardée à juger le 23 juin 2025.

II.    EN DROIT
A.    Préambule
1.    Le règlement fixant le statut du corps enseignant primaire, secondaire et tertiaire ne relevant pas des hautes écoles, du 12 juin 2002 (B 5 10.04 ; ci-après : RStCE) comprend des dispositions générales applicables à toutes les catégories de personnel enseignant et des dispositions spécifiques à chaque catégorie.
2.    Le 9 avril 2025, le Conseil d'Etat a adopté des modifications concernant notamment les articles 7 à 7C RStCE.
3.    Conformément aux principes généraux du droit intertemporel, lorsqu’un changement de droit intervient au cours d’une procédure administrative contentieuse ou non contentieuse, la question de savoir si le cas doit être tranché sous l’angle du nouveau ou de l’ancien droit se pose. En l’absence de dispositions transitoires s’il s’agit de tirer les conséquences juridiques d’un événement passé constituant le fondement de la naissance d’un droit ou d’une obligation, le droit applicable est en principe celui en vigueur au moment dudit événement. Dès lors, la législation applicable reste en principe celle qui était en vigueur lors de la réalisation de l’état de fait qui doit être apprécié juridiquement ou qui a des conséquences juridiques (arrêt du Tribunal fédéral 2C_195/2016 du 26 septembre 2016, consid. 2.2.2. ; ATA/1532/2017 du 28 novembre 2017, consid. 13a ; ATA/1052/2017 du 4 juillet 2017, consid. 4 et les réf. cit.).
4.    En l’occurrence, selon l’article 2 des modifications du RStCE, du 9 avril 2025, le règlement modifié entre en vigueur le lendemain de sa publication dans la FAO.
5.    La décision querellée datant du 11 juillet 2024, les faits visés par la présente procédure sont antérieurs aux modifications du RStCE du 9 avril 2025. C'est donc la version antérieure dudit règlement qui s’applique au cas d’espèce. Les dispositions dudit règlement citées ci-après se réfèrent par conséquent à la version en vigueur du 25 août 2014 au 9 avril 2025 (ci-après : « aRStCE »).

B.    Recevabilité
6.    Aux termes de l’article 11, alinéa 2 de la loi sur la procédure administrative, du 12 septembre 1985 (LPA ; E 5 10), l’autorité saisie examine d’office sa compétence. Selon l’article 6, alinéa 1, lettre e LPA, le Conseil d’Etat est autorité de recours de première instance lorsque le droit fédéral ou cantonal le prévoit.
7.    L'article 146 de la loi sur l’instruction publique, du 17 septembre 2015 (LIP ; C 1 10), prévoit que le Conseil d'Etat peut instaurer un recours préalable hiérarchique pour les décisions concernant les membres du personnel soumis à la présente loi.
8.    Le RStCE s'applique notamment aux corps enseignant secondaire, conformément à l'article 1A aRStCE.
9.    L'article 65, alinéa 5 aRStCE précise que les décisions du département concernant des fonctionnaires autres que celles citées aux alinéas 1 et 4 peuvent faire l'objet d'un recours au Conseil d'Etat.
10.    Selon l'article 65, alinéa 1 aRStCE, dans les cas prévus aux articles 139, 140, 141, 142, alinéa 1, lettres b et c, et 144, alinéa 1 LIP (respectivement aux articles 63, 62, 64, 56, alinéa 1, lettres b et c, et 58, alinéa 1, dudit règlement) et à l’article 35 dudit règlement, l'intéressée ou l'intéressé a le droit de recourir auprès de la CJCA. Il s’agit des cas concernant la fin des rapports de service pour des motifs d’invalidité, la suppression d’un poste, la résiliation des services pour motif fondé, des sanctions disciplinaires relatives au traitement (suspension d’augmentation de traitement ou la réduction de traitement), la fin des rapports de service avec effet immédiat en cas de violation grave des devoirs de service ou de fonction, une suspension pour enquête et le certificat de travail.
11.    L’article 65, alinéa 4 aRStCE énonce, quant à lui, que le membre du personnel enseignant qui fait l'objet d'un blâme peut porter l'affaire, dans un délai de 10 jours, devant la conseillère ou le conseiller d'Etat chargé du département.
12.    En l’espèce, le recourant a été engagé par le DIP le 1er septembre 2007 et nommé comme maître dans l’enseignement secondaire en matière X______ à compter du 1er septembre 2008. Le litige porte sur le remboursement d’une partie de traitement pour des heures qui n’auraient pas été enseignées sans motif justificatif.
13.    Dès lors, la LIP et le aRStCE s’appliquent au recourant et le Conseil d'Etat est compétent pour traiter du présent recours.
14.    La procédure de recours est régie par la LPA (art. 65, al. 3 aRStCE).
15.    Selon l’article 4, alinéa 1, lettre a LPA, sont considérées comme des décisions les mesures individuelles et concrètes prises par l’autorité fondées sur le droit public fédéral, cantonal ou communal et ayant pour objet de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
16.    En application de l’article 62, alinéa 1, lettre a LPA, le délai de recours est de 30 jours s’agissant d’une décision finale. Le délai commence à courir le lendemain de la notification de la décision (art. 62 al. 3 LPA). Lorsque le dernier jour du délai tombe un samedi, un dimanche ou sur un jour légalement férié, le délai expire le premier jour utile (art. 17 al. 3 LPA).
17.    Les délais en jours fixés par la loi ou par l'autorité ne courant pas du 15 juillet au 15 août inclusivement (art. 63, al. 1, let. b LPA).
18.    Les délais sont par ailleurs réputés observés lorsque l’acte de recours est parvenu à l’autorité ou a été remis à son adresse à un bureau de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse au plus tard le dernier jour du délai avant minuit (art. 17 al. 4 LPA).
19.    En l'espèce, par courrier du 11 juillet 2024, la Conseillère d'Etat chargée du DIP a réclamé au recourant la somme brute de 6'802.56 francs. Il s'agit par conséquent d'une décision au sens de l'article 4, alinéa 1 LPA.
20.    Datée du 11 juillet 2024, ladite décision a donc été notifiée, au plus tôt, le 12 juillet 2024.
Le délai a donc couru du 13 juillet au 12 septembre 2024. Remis au bureau de poste le 12 septembre 2025, il a été déposé dans le délai prescrit par l'article 62, alinéa 1, lettre a LPA.
21.    L’avance de frais a été versée dans le délai imparti à cet effet (art. 86 al. 1 LPA).
22.    Au vu de ce qui précède, le recours, interjeté dans les formes prescrites (art. 65 al. 1 LPA), sera déclaré recevable.

C.    Au fond
23.    En vertu de l'article 21, alinéa 1 aRStCE, les membres du corps enseignant se doivent de remplir tous les devoirs de leur fonction consciencieusement et avec diligence. Ils se doivent de respecter leur horaire de travail (al. 2) et d’assumer personnellement leur travail et de s’abstenir de toute occupation étrangère au service pendant les heures de travail (al. 3).
24.    Selon l'article 22, alinéa 1 aRStCE, un membre du corps enseignant empêché de se présenter à son lieu de travail à l’heure prescrite doit en informer le plus tôt possible sa hiérarchie et justifier son absence. Un certificat médical peut être exigé (al. 3).
25.    L'article 7, alinéa 1 aRStCE prévoit que la durée normale de travail équivaut, en moyenne, à 1 800 heures par année, ce qui correspond à 40 heures par semaine. Cette durée normale de travail comprend, d'une part, un temps de travail avec les élèves et, d'autre part, un temps de travail hors présence des élèves (al. 2). Une fiche d'engagement annuel précise, pour l'année scolaire concernée, le taux d'activité de la maîtresse ou du maître, l'affectation et, le cas échéant, les périodes d'enseignement, les disciplines enseignées et les dégrèvements (al. 4).
26.    Selon l'article 7B, alinéa 3, lettre b aRStCE, un taux d'activité à hauteur de 80% correspond à une fourchette de 16-19 périodes d'enseignement. L'alinéa 5 précise que la moyenne de carrière, calculée dès le premier engagement d'un poste, correspond à une moyenne de 17,5 périodes, pour un poste à 80% du temps plein, pour les maîtresses et maîtres jusqu'à 60 ans. Quant à l’alinéa 9, il précise que la réserve individuelle de carrière, ou cumul des écarts à la moyenne de carrière prévue aux alinéas 5 et 6, est égale à zéro au minimum tous les 5 ans et au moment du départ à la retraite planifié. Dans tous les cas, la réserve individuelle de carrière ne peut être supérieure à 4 périodes.
27.    Aux termes de l'article 53, alinéa 2 aRStCE, le fonctionnaire a droit à son traitement dès le jour où il occupe sa fonction et jusqu’au jour où il cesse de l’occuper, pour cause de démission ou pour toute autre cause.
28.    En vertu de l’article 54, alinéa 1 aRStCE, en cas d’absence pour cause de maladie ou d’accident attestée par certificat médical, le traitement est remplacé par une indemnité pour incapacité de travail.
29.    Le MIOPE réunit les directives précisant les pratiques communes dans l’application des lois et des règlements relatifs au personnel de l’État. Il constitue une ordonnance administrative. Les dispositions du MIOPE ne constituent pas des règles de droit et ne lient pas le juge ; toutefois, du moment qu'elles tendent à une application uniforme et égale du droit, les tribunaux ne s'en écartent que dans la mesure où elles ne restitueraient pas le sens exact de la loi (ATF 133 II 305 consid. 8.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_95/2011 du 11 octobre 2011 consid. 2.3 ; ATA/720/2023 du 4 juillet 2023 consid. 4.4.4 et les arrêts cités).
30.    Selon la fiche 08.01.02 du MIOPE, seul est accepté le certificat médical établi par une ou un médecin, une ou un dentiste, ainsi qu'une sage-femme ou un homme sage-femme, et ce dans leur domaine de spécialisation. Le certificat médical doit indiquer le nom et la date de naissance du membre du personnel, s’il s’agit d’une maladie ou d’un accident, de même que la date de début et de fin ainsi que le taux de l'incapacité de travail.
31.    Selon la brochure 03.01.01 Modalités d'application des horaires de travail au sein de l'administration cantonale, le temps pris pour une visite médicale pour le membre du personnel (lui-même) n'est en principe pas imputé en temps de travail. Le rendez-vous devant être prit prioritairement sur le temps libre (étant précisé que par visite médicale, il faut entendre une visite auprès d'un médecin au sens des articles 38 et 39 OAMAL, d'un chiropraticien ou d'une sage-femme (les visites en relation avec une thérapie sont exclues) qui n'aurait pas pu être fixée en dehors du cycle de travail.
32.    Un chiropraticien, contrairement à un ostéopathe ou un physiothérapeute, est considéré comme exerçant une profession médicale universitaire (article 2 de la loi fédérale sur les professions médicales universitaires, du 23 juin 2006 (Loi sur les professions médicales. LPMéd ; RS 811.11).
33.    En vertu de l’article 25, alinéa 1 de la loi concernant le traitement et les diverses prestations alloués aux membres du personnel de l'Etat, du pouvoir judiciaire et des établissements hospitaliers, du 21 décembre 1973 (LTrait ; B 5 15), les traitements du corps enseignant sont établis suivant le nombre de leçons hebdomadaires, groupées par poste. Les postes sont fixés par le département de l’instruction publique, de la formation et de la jeunesse
34.    Le principe de la légalité, consacré à l’article 5 al. 1 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. ; RS 101), exige que les autorités n’agissent que dans le cadre fixé par la loi. L’exigence de la base légale signifie que les actes étatiques doivent trouver leur fondement dans une loi au sens matériel, qui soit suffisamment précise et déterminée et qui émane de l’autorité constitutionnellement compétente (ATF 141 II 169 consid. 3.1 ; 131 II 13 consid. 6.5.1 ; 128 I 113 consid. 3c).
35.    Selon le principe ne bis in idem, qui est un corollaire de l’autorité de chose jugée, nul ne peut être poursuivi ou puni pénalement par les juridictions du même État en raison d’une infraction pour laquelle il a déjà été acquitté ou condamné par un jugement définitif conformément à la loi et à la procédure pénale de cet État. Ce droit, qui appartient avant tout au droit pénal fédéral matériel, découle en outre implicitement de la Constitution fédérale, à savoir des articles 8 al. 1 et 29 al. 1 de Cst. et est également garanti par l’art. 4 ch. 1 du Protocole additionnel n° 7 à la Convention de sauvegarde des droits de l’homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (RS 0.101.07) et l’art. 14 par. 7 du Pacte ONU II (RS 0.103.2). L’autorité de chose jugée et le principe ne bis in idem requièrent qu’il y ait identité de l’objet de la procédure, de la personne visée et des faits retenus (ATF 149 II 74 consid. 8.1 ; 145 IV 383 consid. 2.2 ; 144 IV 136 consid. 10.1 ; 137 I 363 consid. 2.1 ; 125 II 257 consid. 5a).
36.    En l'espèce, la décision litigieuse porte uniquement sur une demande de remboursement de traitements perçus en trop par le recourant.
37.    Il est établi et admis que le recourant n'a pas donné ses cours les 28 février, 1, 6, 8, 13, 15, 20, 22 et 27 mars, 17, 19, 24 et 26 avril, 3, 8, 15, 17, 22, 24, 29 et 31 mai, 5, 7 et 12 juin 2024). Il a donc été absent lors de 48 périodes d'enseignement au second semestre de l'année 2023/2024, correspondant aux cours de la matière X______ « 2 CIE » dispensés les mercredis et vendredis.
38.    Il ressort notamment de ses différents échanges avec sa supérieure hiérarchique, que le recourant a décidé de manière unilatérale de cesser de donner ces cours, attribués dans sa FEA 2023/2024.
39.    Son absence n'est pas liée à des raisons médicales au sens de l’article 54 RStCE, étant précisé que l'intéressé n'a fourni aucun certificat d'incapacité de travail en lien avec les périodes susmentionnées.
40.    Cette conclusion vaut également spécifiquement s’agissant des cours que le recourant n’a pas donnés les 8 et 13 mars 2025, et des deux attestations remises par ce dernier, datées des 1er mai et 4 juin 2024, soit deux mois après avoir été absent à ses cours des 8 et 13 mars 2024, établies respectivement par un physiothérapeute et un ostéopathe.
41.    En effet, ces deux attestations ne font nullement état d'une incapacité de travail du recourant. Par ailleurs, ces professions ne rentrent pas dans les catégories pour lesquelles le temps pris pour une visite médicale pour le membre du personnel n'est en principe pas imputé en temps de travail, étant précisé que le recourant n’a pas démontré une impossibilité de consulter en-dehors de ses heures de travail. Or, même si les dispositions du MIOPE – et notamment celles citées plus haut – ne constituent pas des règles de droit et ne lient pas le juge, rien ne justifie de s’en écarter dans le cas d’espèce, dans la mesure où il n’y a pas lieu de considérer qu’elles ne restitueraient pas le sens exact de la loi.
42.    En tout état de cause, non seulement ces documents ne permettent pas d’excuser valablement l'absence du recourant mais l'on rappellera que celui-ci avait déjà fait part, par courriel du 5 janvier 2024, de son intention de ne pas donner les cours en question, lorsqu'il avait indiqué « En l'absence de solutions concertées, j'ai décidé d'opter pour la piste que je vous ai suggérée en septembre : cesser d'enseigner en 2CiE-N sur le deuxième semestre ». Il avait même souligné, par courriel du 10 mars 2024, que s’agissant des cours de 2CIE.N, il proposait d’en rester au statu quo, sa retenue de salaire payant le remplacement.
43.    Ce faisant, le recourant a, en connaissance de cause et malgré plusieurs injonctions de sa hiérarchie visant à ce qu'il reprenne l'enseignement desdits cours, contrevenu sans motif valable à ses obligations de respecter ses horaires de travail et d'assumer personnellement le travail pour laquelle il a été engagé.
44.    L'argument du recourant, selon lequel il aurait en fin de compte tout de même effectué les 16 périodes hebdomadaires prévues dans la fourchette susmentionnée de 16-19 périodes d’enseignement, correspondant à un taux d'activité de 80%, ne peut être suivi. D'une part, le nombre d'heures qui lui a été attribué dans sa FEA est de 18.42 périodes hebdomadaires, et non de 16. Ce nombre d’heures est au demeurant conforme à un poste correspondant, comme le sien, à un taux de 80%.
45.    D’autre part, le recourant ne saurait tirer argument du fait que le refus de dispenser deux périodes hebdomadaires aurait permis de diminuer sa réserve de carrière pour contester la demande de remboursement des périodes d’enseignement non prestées. En effet, le recourant, comme tout membre du personnel enseignant, n’est pas légitimé à gérer lui-même ses horaires et l'octroi de périodes d'enseignement, soit autrement dit l'établissement de la FEA ; il en va de même s’agissant de la gestion de la réserve de carrière, par exemple en décidant motu proprio quels cours dispenser ou non. Mais surtout, comme le relève précisément le recourant lui-même, la moyenne de carrière, quel que soit son niveau et les éventuels ajustements à la hausse ou à la baisse qui pourraient ou devraient intervenir à l’avenir, ne pourrait avoir d'impact sur sa rémunération en l'espèce, dans la mesure où celle-ci n’est due que si le nombre de périodes fixée par la FEA sont effectivement prestées. Ainsi, le fait qu'elle devrait tendre vers zéro tous les 5 ans et en fin de carrière, conformément à l'article 7B, alinéa 9 aRStCE, ne pourrait justifier ses absences ni motiver une quelconque compensation avec le salaire perçue en trop.
46.    Quoi qu’il en soit, rien ne lui permettait de renoncer unilatéralement à des prestations d'enseignement attribuées dans sa FEA pour l'année scolaire 2023/2024.
47.    Enfin, il sera également relevé que, dans le cadre de la procédure devant la CJCA, le recourant a reconnu qu'il n'avait à aucun moment proposé de reprendre les cours « 2CIE». Or, même si par impossible il avait accepté de reprendre les trois derniers cours, à la demande du doyen, qui se serait attelé – selon les dires du recourant – à résoudre certaines contraintes d'horaires, cela ne changerait rien à l'examen. En effet, il convient de rappeler ici que le corps enseignant ne peut choisir ou modifier son horaire à sa guise, de sorte que la supérieure hiérarchique du recourant n’aurait eu aucune obligation d'adapter son horaire ou de trouver une autre solution. Le refus de modifier la grille horaire du recourant ne l’aurait ainsi nullement habilité à décider de son propre chef de ne plus dispenser les cours en question.
48.    Partant, le recourant n’ayant pas fourni l’entier des prestations exigées de sa part, sans aucun motif justificatif valable, c'est à juste titre que l'autorité intimée a exigé le remboursement du traitement perçu en trop pour les 48 périodes susmentionnées.
49.    Le recourant ne saurait être suivi lorsqu'il allègue que le principe de la légalité aurait été violé en l'espèce. En effet, la lettre de l'article 53, alinéa 2 aRStCE est claire : « Le fonctionnaire a droit à son traitement dès le jour où il occupe sa fonction et jusqu’au jour où il cesse de l’occuper, pour cause de démission ou pour toute autre cause. » Or, l'intéressé a bel et bien décidé de sa propre initiative de cesser partiellement d'occuper sa fonction pour les 48 périodes d'enseignement en question.
50.    S’agissant du calcul en tant que tel de la retenue de salaire à opérer, il n’y a pas lieu de s’écarter du calcul effectué par l’autorité intimée sur la base de la directive D.DH.00.20. Au demeurant, si le recourant conteste le principe d’une retenue de salaire en tant que tel, de même que la comptabilisation, parmi les périodes hebdomadaires des 8 et 13 mars 2024 –à tort, comme cela vient d’être démontré – il ne conteste pas pour autant les éléments de calcul figurant dans l’annexe à cette directive.
51.    A cet égard, il sera relevé que le recourant a été informé, par courriel du 5 février 2024, qu’en cas de refus d’assurer les enseignements figurant sur sa FEA, il encourait un entretien de service pour manquement aux devoirs de service. De même, par courriel du 29 février 2024, sa supérieure hiérarchique l'a informé qu’une retenue de salaire pour absence injustifiée serait appliquée pour les périodes non prestées. Or, l'intéressé a manqué de se rendre à ses cours dès le 28 février 2024 et a persisté dans son refus ultérieurement au courriel du 29 février 2024. Que la méthode de calcul appliquée à sa retenue de salaire lui ait été communiquée uniquement par courrier du 29 avril 2024 n’a pas d’incidence, dans la mesure où les conséquences de ses absences étaient suffisamment reconnaissables pour le recourant. Au demeurant, même après le courrier du 29 avril 2024, le recourant n’a pas offert valablement ses services. Ainsi, les allégations de ce dernier, selon lesquelles il n'aurait pas dûment été informé des conséquences de son refus d'enseigner les périodes litigieuses, lors de sa prise de décision, ne peuvent être suivies.
52.    Enfin, c'est en vain que le recourant se plaint d'une violation du principe ne bis in idem. La procédure engagée contre la décision du 11 juillet 2024, ayant fait l'objet de la décision de la CJCA du 11 mars 2025, concerne une sanction administrative, soit le retrait de deux annuités au traitement futur du recourant. Dans le cas d'espèce, il s'agit uniquement d'une mesure administrative qui est la conséquence légale du fait que le recourant n'a pas respecté ses engagements contractuels et, ce faisant n’a pas délivré la prestation convenue de travail (article 53, alinéa 2 aRStCE), comme l’a d’ailleurs retenu à juste titre la CJCA. Les décisions et procédures y relatives répondent donc à des buts différents.
53.    Pour les mêmes raisons, l'on ne saurait qualifier la demande de remboursement des traitements – perçus indûment – de sanction déguisée.
54.    Partant, entièrement mal fondé, le recours devra être rejeté.
55.    Pour le surplus, en application de l'article 87, alinéa 1 LPA, la juridiction administrative qui rend la décision statue sur les frais de procédure et émoluments.
56.    La juridiction administrative statue dans les limites établies par le règlement du Conseil d'État et cela conformément au principe de la proportionnalité (article 87, alinéa 3 LPA).
57.    Dans le cas présent, au vu du dossier, un émolument de procédure sera fixé à 1 000 francs et mis à la charge du recourant. Il sera compensé par l'avance des frais effectuée.
58.    Enfin, en application de l’article 15A, alinéa 1, lettre b LPA, il sera pris acte de la récusation de la conseillère d’Etat chargée du DIP.

Par ces motifs,

ARRÊTE :
Préalablement
1. Il est pris acte de la récusation de la conseillère d'Etat chargée du département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse dans la présente procédure.

Principalement
2.    Le recours n° 3948-2024 interjeté le 12 septembre 2024 par A______ à l’encontre de la décision rendue le 11 juillet 2024 par la Conseillère d'Etat chargée du département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse est rejeté.
3.    Il est mis à la charge de A______ un émolument de 1 000 francs, compensé par l’avance de frais effectuée.
4.    Il n’est pas alloué d’indemnité de procédure.

Conformément aux articles 132 de la loi sur l’organisation judiciaire, du 26 septembre 2010 (LOJ ; E 2 05), 17, alinéa 4, 62, alinéa 1, lettre a, 64 et 65 de la loi sur la procédure administrative, du 12 septembre 1985 (LPA ; E 5 10) et 65, alinéa 6 du règlement fixant le statut des membres du corps enseignant primaire, secondaire et tertiaire ne relavant pas des hautes écoles, du 12 juin 2002 (B 5 10.04 ; RStCE), le présent arrêté est susceptible de faire l'objet d'un recours auprès de la chambre administrative de la Cour de Justice (rue de Saint-Léger 10, case postale 1956, 1211 Genève 1) dans les 30 jours qui suivent sa notification. Le délai est suspendu pendant les périodes prévues à l'article 63, alinéa 1 LPA. L’acte de recours doit être signé et parvenir à l'autorité ou être remis à son adresse à un bureau de poste suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse au plus tard le dernier jour du délai avant minuit. Il doit contenir, sous peine d’irrecevabilité, la désignation de l’arrêté attaqué, les conclusions de la recourante ou du recourant, un exposé des motifs ainsi que l’indication des moyens de preuve. Le présent arrêté et les pièces dont dispose la recourante ou le recourant doivent être joints à l’envoi.

Certifié conforme,

La chancelière d'Etat

Michèle Righetti-El Zayadi