La votation du 25 septembre 2016 marque une nouvelle utilisation réussie (44ème) du vote électronique pour le canton de Genève. Les Genevois étaient appelés à se prononcer sur trois objets fédéraux et deux objets cantonaux. Les électeurs des communes de Meyrin et Vandoeuvres pouvaient également se prononcer de manière électronique sur leur objet communal.
Pour ce 44ème scrutin en ligne, 12'159 personnes sur les 102'463 électrices et électeurs qui pouvaient utiliser le canal électronique lors de cette votation ont choisi de voter par Internet, soit 26.9 %. Cela comprend, les électrices et électeurs des seize communes admises au vote électronique, les étrangers résidents des communes de Meyrin et Vandoeuvres et l’électorat genevois de l’étranger.
Les 79'164 électrices et électeurs des seize communes d’Aire-la-Ville, Anières, Avusy, Bernex, Carouge, Chêne-Bougeries, Chêne-Bourg, Collonge-Bellerive, Cologny, Confignon, Grand-Saconnex, Meyrin (dont les étrangers résidents), Onex, Perly-Certoux, Plan-les-Ouates et Vandoeuvres (dont les étrangers résidents), ainsi que les 23'299 Genevois-e-s de l’étranger pouvaient voter par voie électronique sur les trois objets fédéraux, les deux objets cantonaux et les objets communaux pour les électeurs des communes de Meyrin et Vandoeuvres. Lors de cette votation, 57.28% des Genevois-e-s de l'étranger ont utilisé le canal électronique.
Il s'agissait du dernier scrutin avec le vote électronique offert d'office à tous les électrices et électeurs des seize mêmes communes (mentionnées précédemment). En effet, dès la votation du 27 novembre 2016, seuls les électeurs qui ont demandé à s'inscrire au vote électronique dans le délai du 25 septembre disposeront de ce troisième canal. La campagne d'inscription au vote électronique sera poursuivie lors de votations du 27 novembre 2016 pour les votations à venir. Ce changement de pratique permet ainsi à toute électrice ou tout électeur qui le souhaite d'avoir accès au vote en ligne quel que soit son lieu de résidence dans le canton. A ce jour, seuls 30% des électeurs peuvent y avoir accès, mais d'ici 2019, ce moyen sera disponible pour 100% des électeurs. Il va de soi que les citoyens qui s'inscrivent au vote électronique pourront toujours voter s'ils le désirent au local de vote ou par correspondance.