Le département du territoire (DT) assure la mise en place de mesures pour une transition environnementale durable et pour la protection de la population et des biens face aux dangers auxquels ils peuvent faire face. Ainsi, à titre d'exemple, il mène une politique concertée en vue de réduire les atteintes à la qualité de l'air ou les nuisances sonores, il agit afin d'assurer une cohabitation harmonieuse avec la grande faune, assure le suivi des espèces invasives ou intervient pour prévenir les risques liés à présence d'un riche patrimoine forestier.
Le département a par exemple instauré la circulation différenciée en cas de pic de pollution atmosphérique. Ainsi, lorsqu'une péjoration de la qualité de l'air est confirmée ou prévue à court terme, la circulation des véhicules les plus polluants est interdite en journée au centre de l'agglomération genevoise, de façon progressive et temporaire.
Les caractéristiques géographiques de Genève, où une forte densité de population et d’infrastructures cohabitent avec un lac et plus de 300km cours d’eau, induisent que l’on s’intéresse tout particulièrement aux risques liés aux crues et à la qualité des cours d'eau afin d'en garantir sa qualité.
Dans une optique de gestion durable de nos ressources, le département encourage la bonne gestion des déchets notamment par le biais du tri et du recyclage. Le nouvelle politique de gestion des déchets adoptée en juin 2021 vise à réduire les déchets pour accélérer la transition écologique.