Le service de l'écologie de l'eau (SECOE) contrôle l'état sanitaire des plages et accès au lac.
Toutes les 2 semaines, d'avril à octobre, l'état sanitaire d'une trentaine d'accès publics au lac (en rive droite et rive gauche) et au Rhône sont contrôlés. Les sites où la qualité bactériologique de l'eau est mauvaise sont signalés aux usagers (panneaux de mise en garde, voire d'interdiction, etc.).
Au vu de la qualité bactériologique des cours d'eau et tenant compte de la nécessité de la protection de la faune piscicole, la baignade est fortement déconseillée dans les rivières du canton de Genève.
