L'année 2006 a été, pour l'Université de Genève, marquée par une crise qui a mis en évidence la nécessité de réformer de manière urgente et profonde le pilotage politique et la gestion interne de l'Université. Le Conseil d'Etat a commandité une enquête générale sur l'Université afin de déterminer les éléments déclencheurs de la crise institutionnelle universitaire. Sur cette base, il a ensuite mandaté une commission chargée de concevoir un avant-projet de loi sur l'Université (CELU). Cette commission présidée par Mme Ruth Dreifuss, ancienne Présidente de la Confédération, a organisé ses travaux autour de 3 axes :
Donner à l'Université de Genève un cadre légal pour mettre en œuvre une politique de l'enseignement et de la recherche en adéquation avec les besoins du canton et la place qu'elle occupe dans le paysage universitaire suisse et international. Préciser et clarifier les rôles et responsabilités de chacun (Grand Conseil, Conseil d'Etat, Rectorat, etc.) d'une part en centrant le pilotage politique des autorités sur l'essentiel et, d'autre part, en renforçant l'autonomie de l'Université. Les missions et les objectifs à long terme seront ainsi du ressort du législatif, alors que l'exécutif devra veiller à ce que l'Université remplisse les attentes de la convention d'objectifs devant être approuvée par le parlement.
Le Conseil d'Etat élaborera une loi ad hoc sur les taxes universitaires. La compétence du Grand Conseil est ainsi maintenue dans ce domaine.
En novembre 2008, la nouvelle loi a été massivement acceptée en votation populaire (72% des votants). En décembre 2009 le Grand Conseil a ratifié la Convention d'objectifs pour les années 2008 à 2011, cosignée par l'Université et le Conseil d'Etat.