La Déclaration de Bologne et le processus d'harmonisation scolaire intercantonale amènent de nouveaux éléments que le Canton doit prendre en compte. Ainsi, il s'est engagé à remplacer la licence mention "enseignement" délivrée par la Section des sciences de l'éducation de l'Université de Genève, incompatible avec l'harmonisation universitaire européenne, par un parcours académique de type bachelor puis master. A cette fin, et pour donner suite au rapport du Conseil d'Etat du 25 mai 2005 sur la formation des enseignants, le Rectorat a été prié par le Conseiller d'Etat en charge du DIP d'établir un plan d'intention relatif à la création d'un Institut universitaire de formation des enseignants (IUFE).
Mettre en place une structure inter facultaire devant assurer la formation des futurs enseignants du primaire et du secondaire et assurer la formation continue. La création de cet institut se réfère notamment à trois grands principes qui servent de fil conducteur à la démarche :
Avril 2007 : remise du rapport du groupe créé par le Rectorat intitulé "L'Institut universitaire de formation des enseignants".
Février 2008 : en raison d'un calendrier politique particulièrement dense dans le domaine de l'enseignement supérieur, annonce d'un dispositif transitoire de formation des enseignants dès la rentrée 2008.
Décembre 2008 : dépôt du projet de loi concernant la formation des enseignants primaires et secondaires.