Lors de la réforme de la loi fédérale sur les hautes écoles spécialisées (LHES) en 2004, plusieurs domaines y ont été intégrés. Ils relèvent donc désormais de la compétence de la Confédération. C'est notamment le cas des arts (musique, arts de la scène et beaux-arts). Les modifications de cette révision partielle sont entrées en vigueur le 5 octobre 2005. Dans le canton de Genève, les tâches d'enseignement de formations musicales non professionnelles et professionnelles étaient confiées aux deux fondations de droit privé que sont le Conservatoire de Musique de Genève (CMG) et l'Institut Jacques Dalcroze (IJD). L'évolution de la loi fédérale a engendré la nécessité de dissocier les structures et activités de niveau professionnel de celle de l'enseignement musical de base (cf. priorité 9) et de constituer une Haute école de musique, rattachée à la HES Genève.
Concrétiser la modification de la LHES.
Mettre en œuvre les conditions permettant d'offrir des formations reconnues par la Confédération pour conduire à un Bachelor of Arts HES-SO en musique, ouvrant lui-même l'accès à des Masters.
En novembre 2007, le Conseil d'Etat adoptait un projet de loi proposant la constitution d'une Haute école de musique regroupant les filières professionnelles du CMG et de l'IJD.
Aujourd'hui la Haute Ecole de Musique de Genève existe et accueille environ 550 étudiants en provenance des 5 continents, encadrés par une centaine de professeurs et d’intervenants invités hautement qualifiés et actifs dans la vie professionnelle. Elle comporte les secteurs suivants:
La HEM s'est vue en outre confier la responsabilité d'enseignement décentralisé pour le canton de Neuchâtel suite à la signature d'une convention par les Conseils d'Etat des deux cantons concernés.