Le projet de loi sur l'Université prévoit la mise en œuvre d'une convention d'objectifs. Celle-ci doit être négociée tous les quatre ans entre le Rectorat et le Conseil d'Etat. Elle est ratifiée par le Grand Conseil sous la forme d'une loi de financement qui fixe le montant des indemnités monétaires et non-monétaires que l'Etat alloue à l'Université. Les quatre éléments constitutifs de la convention sont les suivants :
La convention est accompagnée d'un plan financier quadriennal qui mentionne les ressources allouées pour la période quadriennale.
Disposer d'un instrument de pilotage stratégique et politique de l'Université.
Négocier et planifier les objectifs de l'Université sur une période de quatre ans.
Développer un instrument pour rendre compte des activités et des résultats de l'Université de Genève.
Le projet de loi de financement qui ratifie la convention d'objectifs pour les années 2008 à 2011 conclue entre l'Etat et l'Université de Genève sera prochainement voté par le Grand Conseil.