La Constitution genevoise garantit la liberté des cultes et consacre le principe de la séparation de l'Etat et des Églises. L'école publique genevoise est par conséquent soumise au principe de laïcité, clairement énoncé dans la loi sur l'instruction publique. Elle se base aussi sur le principe de neutralité politique et religieuse. Face au déficit de références et de culture religieuse des jeunes, un groupe de travail exploratoire a été mis en place par le DIP et a rendu un rapport en 1998. Il proposait une clarification de la situation et une mise en perspective du débat sur la laïcité à l'école. Il recommandait en outre au DIP d'entrer en matière sur le principe d'une prise en compte plus explicite du fait religieux dans le cadre de l'enseignement. En 2003, un groupe de travail interne a été constitué avec pour missions principales d'identifier les éléments de la culture religieuse existant dans l'école genevoise et d'évaluer les enjeux liés à la question de l'enseignement du fait religieux. C'est notamment sur la base de cette étude qu'a été rédigé le rapport du Conseil d'Etat de novembre 2004 à la motion concernant l'introduction de cours sur l'histoire des religions pour les élèves du canton (M 1079-A).
Donner une nouvelle place au fait religieux, l'intégrer de manière plus claire et explicite dans l'enseignement. Amener des outils aux élèves pour se situer et comprendre le monde et la société dans laquelle ils évoluent. Aborder les faits religieux en tant qu'événements observables et objectifs, et non pas en tant que croyances ou vision du monde subjective (le Conseil d'Etat n'entend pas créer une nouvelle discipline mais propose d'aborder le fait religieux intégré dans le cadre des enseignements existants). Poursuivre et renforcer la formation des enseignants. Assurer la cohérence de cet enseignement tout au long du cursus scolaire, du primaire au post-obligatoire. Développer des lieux d'échanges sur ce thème.
Durant l'année 2007-2008 : élargissement de l'offre de formation continue, notamment pour les enseignant-e-s de sciences humaines. Analyse du plan d'études romand (PER) sous l'angle de l'enseignement du fait religieux.
Durant l'année 2008-2009 : poursuite du programme de formation continue concernant l'enseignement du fait religieux. Propositions concernant diverses manières de prendre en compte de façon plus explicite l'enseignement du fait religieux dans le plan d'études romand (PER), propositions concernant la formation initiale des enseignants-e-s dans ces domaines; organisation (en avril 2009) d'une seconde conférence-débat publique sur le thème «culture religieuse et école laïque».
Durant l'année 2009-2010 : Début des travaux du DIP visant à introduire l'étude de grands textes et documents fondateurs représentatifs de la diversité culturelle et religieuse présente dans le canton (notamment au cycle d'orientation). Adaptation de la partie "éthique et culture religieuse" du Plan d'études romand au contexte genevois: Définition des thématiques générales qui seront proposées aux élèves, recherche d'extraits de textes représentatifs de la diversité culturelle de notre planète, constitutifs de traditions, de croyances et de modes de vie différents.
Rencontres avec le groupe interdisciplinaire «enseignement laïque et fait religieux» chargé de donner un avis sur les orientations prises par le DIP. Ce groupe est composé d'experts en sciences des religions, de personnalités intéressées à la réflexion sur le pluralisme culturel et religieux à Genève et de représentant-e-s des directions générales.