La Cour est chargée du contrôle indépendant et autonome des services et départements de l'administration cantonale, du pouvoir judiciaire, des institutions cantonales de droit public, des organismes subventionnés ainsi que des institutions communales.
Etant un organe constitutionnel, elle est du même rang que le Conseil d’Etat. Elle ne peut en conséquence recevoir aucune instruction de sa part, notamment quant à une limitation de son activité. Elle n’est soumise qu’à la haute surveillance du Grand Conseil (art. 141 al. 6 Cst-GE).
Les contrôles opérés par la Cour relèvent de son libre choix et ont pour objectif de contribuer à améliorer la gestion de l’Etat. La Cour peut contrôler :
Pour chaque sujet, la Cour procède à une analyse préliminaire afin de déterminer la pertinence d'ouvrir un audit. Pour ce faire, elle dispose de plusieurs éléments, dont une analyse de risques.
Elle priorise ses audits également en fonction des demandes des différentes instances pouvant la solliciter, de l'intérêt du public et des avantages que l'entité contrôlée peut retirer d'une intervention.
Les rapports de la Cour consignent ses observations, les conclusions de ses investigations, les enseignements qu'il faut en tirer et les recommandations conséquentes.
Bien que la Cour ne dispose d’aucun pouvoir coercitif, elle examine régulièrement le suivi des recommandations qui figurent dans ses rapports. Ce suivi, rédigé sous forme de liste exhaustive présentant les recommandations et leur état de réalisation, est publié dans le rapport annuel de la Cour.
Le rapport annuel permet à la Cour de décrire les travaux réalisés et de faire part de façon synthétique des faits marquants de l’année écoulée. Ainsi, la Cour émet son appréciation générale sur la mise en place des recommandations et la couverture effective des risques des entités ayant fait l’objet d’un audit.
Par ailleurs, la Cour reprend en annexe de son rapport le suivi détaillé des recommandations émises sur les trois dernières années.
Toute personne, de même que les entités soumises à son contrôle, peuvent communiquer à la Cour des comptes des faits ou des pratiques qui pourraient être utiles à l'accomplissement de ses tâches.
Par règlement interne, la Cour des comptes a prévu de refuser de donner suite aux communications anonymes, mais de garantir l'anonymat des personnes qui lui auraient transmis des informations.